Plusieurs lunes se sont écoulées depuis que les six chats élus ont commencé leur voyage. Ils ont retrouvé Minuit, le blaireau, et entendu sa prophétie : s'ils ne rentrent pas à temps pour convaincre les clans de quitter la forêt, ils mourront tous ! Mais sur le chemin du retour, ils croisent une tribu de chats étranges, qui prend Pelage d'Orage en otage. Les six élus vont devoir mettre leur vie en danger pour le libérer.
Pour écrire La Guerre des clans, Erin Hunter puise son inspiration dans son amour des chats et du monde sauvage. Erin est une fidèle protectrice de la nature. Elle aime par-dessus tout expliquer le comportement animal grâce aux mythologies, à l'astrologie et aux pierres levées.
